Les différentes directions exécutent les instructions données par la Direction Générale qu’elles répercutent sur les structures constitutives qui sont les Services et les Bureaux qui les composent. Elles coordonnent toutes les activités liées aux attributions leur confiées par la Directions Générale à qui elles rendent compte.

Les Cellules Spécialisées sont directement attachées à la Direction Générale et jouent le rôle de cabinets conseils en matières spécifiques relevant de différents domaines et constituent aussi une source d’assistance technique pour les Directions. Elles sont constituées des Chargés de Cellule et de leurs Assistants.

L’article 5 du décret créant l’Agence stipule : « les ressources de l’Agence sont constituées notamment : des produits d’exploitations, des emprunts, des subventions, des dons, legs et libéralités, des apports des partenaires et des ressources diverses et exceptionnelles ».

En lien étroit avec la direction générale, la DRHA oriente et/ou accompagne la stratégie économique de l’entreprise en mettant en avant sa dimension sociale. La DRHA est pilotée par le directeur des ressources humaines et administratives (DRHA), elle remplit au sein de l’Agence une triple mission :

Assurer l’interface avec la direction générale 
Le directeur des ressources humaines et administratives conseille et accompagne la direction générale dans ses orientations stratégiques en tenant compte du capital humain. Il définit et valide les grands axes de la politique des ressources humaines et administratives et prend en charge les relations sociales. Il maîtrise le droit du travail, et est à l’aise dans le dialogue social pour un bon accompagnement du développement des ressources humaines axé sur le recrutement et la gestion des carrières.

Jouer un rôle de conseil auprès des cadres des directions opérationnelles 
Le directeur des ressources humaines remplit un rôle de conseil et d’aide à la décision auprès des directions opérationnelles de l’Agence: de production, commercial, marketing, etc.

Prendre en charge l’impulsion, le pilotage et le suivi du personnel et projet 
Le DRHA encadre le personnel sous forme de départements: aussi bien les services d’administration du personnel (paie, droit du travail…) que ceux qui ont en charge le développement des ressources humaines (recrutement, gestion des carrières et mobilité, formation…). Plus la taille de l’Agence devient significative, plus les responsabilités du directeur des ressources humaines et administratives sont importantes.

La Direction des Ressources Humaines et Administratives 
s’occupe de la gestion du personnel, suivant ainsi tout le mouvement global d’affectation et d’utilisation des ressources humaines et s’occupe de la gestion de l’Administration de toutes les ressources en général.

Elle gère les effectifs et les absences, maîtrise les procédures internes nécessaires à la bonne organisation administrative du personnel par les tâches diverses :

Embauche et documents à établir 
Suivi des recrutements, Dossier du collaborateur, Contrat de travail, Visite médicale et fiche d'aptitude, Registres obligatoires.

Gestion des absences, des congés
Gestion des temps de travail, Congés et comptabilisation des droits.

Gestion administrative de la formation
Le plan de formation et son calendrier, les formalités administratives, le compte personnel de formation (CPF), les différents dispositifs d’accès à la formation: bilan des compétences… Départ du salarié : Rupture du contrat, démission, licenciement, rupture conventionnelle homologuée, Solde de tout compte, Départ à la retraite …

Organisation du service du personnel
Ratios, mobilité, turn-over, bilan social et tableau de bord, l'échéancier du service du personnel, les Notes de service, l’affichage obligatoire ….

La Direction Financière évolue dans un espace financier qui l’oblige à fonctionner en tenant compte de certains besoins financiers et sous certaines contraintes financières de l’Agence. Elle permet d’assurer aux décideurs qu’ils ont auront bien les fonds nécessaires à l’instant voulu pour financer telle ou telle activité. C’est donc à cette direction, que revient la responsabilité de donner à l’Agence l'opportunité et les moyens de se développer. Elle garantit aussi que les finances de l’Agence sont bien gérés. Avant de prendre n’importe quelle décision qui implique un flux financier ou un trou dans la trésorerie, le CM consulte la fonction finance de l’Agence. Ce qui implique que les outils mis en place soient en adéquation avec l’activité.

La Direction Financière s’intéresse aussi à l’aspect juridique en s’assurant que l’Agence respecte bien les procédures d’autorisations. Elle établit les tableaux de bord et indicateurs financiers de l’Agence en vue de fournir une information actualisée et pertinente au CM. Elle aide la hiérarchie à justifier les dépenses en leur donnant un outil et des résultats montrant la rentabilité qu’ils ont assurée. Cette Direction intervient aussi pour éviter un besoin en financement de l’Agence qui pourrait lui causer des difficultés financières ou de trésorerie, et pour éviter le gaspillage.

Par ailleurs, sa gestion est guidée par la reconnaissance de trois critères qui sont nécessaires pour le bon fonctionnement de l’Agence, dont :

• La rentabilité : c’est clair que pour se développer, l’Agence doit être rentable.

• La solvabilité : une fois la rentabilité prouvée, l’Agence aura aussi besoin d’emprunts. Il sera quasiment impossible d’en bénéficier si l’Agence n’est pas solvable. Aucune banque ne s’engage en tant que partenaire si elle sait, d’avance, qu’elle court un grand risque de ne jamais revoir la couleur de son argent.

• La liquidité : la direction financière veille à ce que les décaissements ne dépassent les encaissements, c’est toute l’Agence qui sera déstabilisée.

Les études environnementales et sociales des projets et/ou activités constituent des pièces constitutives d’un dossier de demande d’autorisation administrative (permis d’exploitation, de construire, demande d’autorisation d’exploiter une Installation classée pour la Protection de l’Environnement, etc.).

Ces études permettent au service administratif instructeur de tenir compte des préoccupations environnementales et de rendre sa décision d’autorisation ou de refus des travaux, activités ou projets d’aménagement, en fonction des enjeux que présente le projet et/ou activité envisagé (e). Elles ont également pour but de permettre une meilleure intégration du projet dans son environnement. Ce n’est pas un simple justificatif ; c’est un outil d’aide à la décision pour le promoteur comme pour l’administration. Selon la nature du projet, un ou plusieurs service(s) administratif(s) peuvent être sollicités pour faciliter la prise de décision d’autorisation.

La direction Instruction et Evaluation est la porte d’entrée de toute étude soumise à l’Agence pour approbation et validation. Cette Direction constitue un Panel d’Experts pluridisciplinaires pour l’approbation et la validation des études après la vérification des éléments constitutifs du dossier par le service Instruction. Elle fournit au promoteur les observations à intégrer dans l’étude pour son amélioration et sa version finale qui sera certifiée et/ou sanctionnée par un Certificat/Avis Environnemental. Une fois que la Direction Instruction et Evaluation dispose de l’ensemble des documents et avis dont il a besoin, elle peut rendre son avis définitif sur le projet et transmettre le dossier à la Direction Générale. La décision d’autorisation des travaux par la Direction Générale impose au promoteur de réaliser des mesures compensatoires ou de surveillance des effets de son projet sur l’environnement et pour la protection de l’environnement

Une fois les études environnementales et sociales validées et les sanctions appliquées (Certificat/Avis Environnemental), l’organisation du suivi revient à la Direction Suivi et Inspection. La DSI aide l’Agence à suivre et à contrôler (accompagner) la mise en œuvre des études environnementales et sociales, en vue de s’assurer effectivement du respect des prescriptions et des mesures environnementales et sociales préconisées dans les études. Elle organise, en collaboration avec les promoteurs et sous l’instruction de la Direction Générale, la programmation de différents types de suivi et de contrôle du processus de mise en œuvre des études environnementales et sociales. Elle disponibilise les différents rapports du suivi et d’inspection, qu’elle met à la disposition de toutes les parties prenantes pour une gestion participative et durable des composantes environnementales.

Cette direction gère l’équipe des Inspecteurs/Officiers de Police Judiciaire qui constitue son outil de recherche des infractions et aussi de gestion des plaintes qui pourraient surgir en matière de gestion des impacts environnementaux et sociaux. La prise de décision n’étant pas la dernière phase du processus des études environnementales et sociales, il est essentiel d’assurer le suivi (environnemental monitoring, environnemental follow-up) des effets du projet sur l’environnement.

Le suivi environnemental est une activité par laquelle l'Agence s'assure que tous ses engagements et obligations en matière d'environnement, incluant les mesures d'atténuation, sont appliqués par le promoteur. Elle est aussi une activité d’inspection, de contrôle et d’intervention visant à vérifier que toutes les exigences et conditions en matière de protection d’environnement soient effectivement respectées. Le suivi rassure le contrôle de l'efficacité du management environnemental de l'activité étudiée; la révision des prévisions d'impacts sur l'environnement afin de mieux gérer les risques et les incertitudes..

La Direction Formation et Documentation travaille en étroite collaboration avec la DRHA. Elle assure le pilotage stratégique de la formation au sein de l’Agence. Cela est dû au fait qu’il y a un lien étroit entre la gestion individuelle des compétences et la formation, du fait, d’une part, de la place centrale des entretiens professionnels, et d’autre part, en raison du renforcement des diverses procédures de dialogue social et de négociation collective au sein de l’ACE.

Tout le renforcement des capacités du personnel tant ancien que nouveau repose sur l’organisation de la Direction Formation qui doit non seulement raffiner les compétences internes, mais aussi perfectionner le niveau de compréhension de toutes les parties prenantes de la mission de protection de l’environnement qui incombe à tout un chacun, selon son niveau, qu’il soit du secteur public ou du secteur privé.

La Direction a le devoir de Rechercher les questions environnementales de l’heure ; d’Organiser et/ou faire participer le personnel aux conférences, séminaires, ateliers et autres rencontres destinées à donner et à renforcer les capacités dans le domaine de l’évaluation environnementales et sociale. Elle conçoit et élabore le plan de formation et de renforcement des capacités des agents et cadres de l’ACE, et aussi des opérateurs du secteur tant privé que public et ceux de la société civile.

Cette direction répertorie et classe aussi toute la documentation dont dispose l’ACE en vue d’avoir une base des données de référence dans le domaine de l’évaluation environnementale et sociale pour tout le pays. La Direction a aussi pour attribution de Gérer les archives de l’ACE, d’Organiser les statistiques de l’ACE.